自然流产的原因可有下面几种
可能是孕妇不知道自己怀孕，而让身体过度劳累(例如长途旅行、剧烈运动、熬夜加班)，或是不小心暴露于X线照射下等，导致流产。所以，已有怀孕打算者，不妨让生活保持规律，并且养成每天量基础体温的习惯，尽量早期知道怀孕，避免因自己的疏忽而导致流产。
虽然自己知道怀孕，却没有保养身体，或因工作忙碌，没有休息而导致流产。这种情况应该可以避免，故怀孕初期就应小心。
孕妇原来就患有慢性疾病而未加治疗，或是治疗后病情仍不稳定的人。例如肾脏病、心脏病、慢性高血压、甲状腺疾病、糖尿病及全身性红斑狼疮等。若病情没控制好，对孕妇、胎儿都不好，且容易发生早期流产。
孕妇有感染疾病者，如淋病、梅毒、真菌感染等。要避免出现此情况，在平时应多注意身体健康，有妇科症状就要赶紧寻求医生的帮助。
黄体酮缺乏或低下者。可以借由基础体温的测量提供黄体酮有无不足的信息。
生殖器官解剖结构有问题的或有习惯性流产者。如双角子宫、子宫内膜黏连、子宫肌瘤等，此时，就必须接受专门医生的诊断治疗，以避免下一次流产。若确认流产是与结构异常有关联，可以考虑在怀孕前先矫正。
胚胎染色体异常，或有重大缺陷不能存活者。这是唯一不能避免及预防的流产原因。通常夫妻之中有染色体异常者，或因男性大于50岁，女性大于35岁的情况时，流产机会较大。但只要夫妻双方染色体正常，年龄也不大，下一次生下健康宝宝的机会仍然很大。
