小儿HIV感染实验室检查有特点：血清免疫球蛋白尤其是IgG和IgA的浓度经常增高，18个月以下的小儿采用血清抗体测定可确诊。
CD4T辅助细胞计数在一开始可能正常，但最后仍然很低。CD8T抑制细胞一开始经常增高，直到感染末期仍不下降。这样便使CD4比CD8的比例降低，这种现象在HIV感染中十分常见（其他感染中也可见到）。
血清免疫球蛋白尤其是IgG和IgA的浓度经常增高，但有些病人发生低丙种球蛋白血症，患者可能对抗原的皮肤试验缺乏反应。小于12岁的典型患儿其血浆病毒浓度非常高（均值达到30万RNA/ml）到了24个月时病毒浓度常降低（均值约为4万RNA/ml）。测定血浆病毒浓度同时结合CD4细胞计数比单独测定其中一项能取得更准确的诊断信息。
除了18个月以下的小儿采用血清抗体测定（酶免疫试验，然后采用Western blot证实）可以确诊，但18个月以下的婴儿由于血中可能存在着从母体中被获得的抗体故不太可靠。18个月以上的患者如果HIV抗体阳性提示存在着感染。几乎所有的感染患者，血中长期存在着针对HIV的血清抗体。但少数艾滋病患者在疾病晚期血清可呈阴性反应。偶尔HIV感染的小儿由于得了低丙种球蛋白血症，故缺乏HIV抗体。有极个别的HIV感染的小儿用酶免疫试验抗体呈阴性反应，但采用Western blot或者病毒培养或聚合酶链反应（PCR）却呈阳性结果。
在测定之前，应对其母亲（如果孩子较大，也应一起）告知HIV感染的社会心理危险，测定的好处以及感染会带来的后果。家长的口头同意应记录于患者的病历中。有些州或地方性法规还要求有书面的承诺。患者或其监护人不愿意承诺并不会减少医生们职业和道义上的责任，有时候还需要通过其他途径（如法院干预）来强制性进行检查。检查的结果应告诉其家庭，监护人，如果孩子较大也应告知其本人。如果孩子HIV感染阳性，那么还应提供适当的咨询并予以随诊。必须为所有的患者保密。
遭到受HIV感染人性侵犯的孩子应立即进行血清学检查，此后6周，3个月，6个月都要查一次。如果有可能的话，性侵犯的人也应该进行血清学检查。应对孩子及其家庭提供咨询服务。
对于HIV血清阳性妇女生出的孩子，比较合适的实验室检查是HIV培养和PCR方法，这将使30%~50%的病例在出生时确诊，生后4~6个月则可100%确诊。生后一个月左右应先测定一次，如果阴性，应于生后4~6个月再复查。阴性结果应该采用同样方法或选其他方法再证实一下。改良的p24抗原测定法比病毒培养或PCR法较不敏感，因此只有当无法采用后两种方法时才可使用。小于18个月的孩子血清HIV试验阳性并出现了C类艾滋病有关的疾病，即使病毒试验阴性也可诊断为HIV感染。
