痛经是子宫内膜异位症常见的典型症状，痛经的特点是从经前开始，持续整个经期，甚至延至经后数日消失。痛经呈进行性加重，程度与病变的部位有关，疼痛的部位多在下腹正中或偏向一侧。但也有20%的病人没有痛经症状。
异位病灶反复出血或感染，引起粘连，使子宫固定，影响输卵管蠕动和输送卵子。当双侧卵巢有较大的内膜异位囊肿，可干扰卵巢排卵，所以异位症患者中30%～40%伴有不孕，不孕症中30%～50%有子宫内膜异位症。
当内膜异位于子宫直肠窝、阴道穹隆或会阴伤口处，常可引起性交痛或不适。子宫内膜异位症还可以因为卵巢间质受破坏或内分泌障碍，引起月经量过多或经期延长。部分病例有低热，多发生在月经后。累及膀胱或输尿管的子宫内膜异位症，可产生泌尿系统症状，如尿频、尿急、排尿困难或血尿等，类似尿路感染。
