临床上用于治疗腹泻的药物有许多种，包括止泻药、抗生素、肠道菌群调节剂等。它们的作用各异，治疗时需正确选择，以达到最佳的效果。
止泻药：如思密达、易蒙停等，主要作用于肠内壁，可以减慢肠蠕动、延长肠内容物停留时间，使腹泻得到缓解。顾名思义，此类药物的作用只是止泻，纠正的是症状，至于原因可以不管。所以，任何原因造成的腹泻均可使用，但是治标不治本，症状一经消除，就要停止使用，超时服用就会造成便秘。
抗生素：如氟哌酸、泻利停等，使用这类药物的前提是有细菌感染，对于细菌性腹泻，正确使用可以完全治愈。但现在使用的都是广谱抗生素，使用时间过长，不但腹泻纠正不了，反而会加重。这是因为药物抗菌谱过广杀灭了正常菌群，造成了肠道菌群失调，又重新导致腹泻。此时就需要第三类药物来加入治疗方案了。
肠道菌群调节剂：如整肠生、培菲康等，这是一些对人体有益的活菌，进入肠道后可重建宿主肠道菌群间的微生态平衡，以治疗内源和外源微生物引起的肠道感染。但是大剂量使用时也可造成便秘。它还有个弱点是害怕抗生素，所以服用时必须与抗生素间隔2―4小时。
我们怎样使用这些药物才能尽其利而避其害呢？以细菌性腹泻为例，可以先使用抗生素，腹泻严重者加止泻药，同时要补充水和电解质；待腹泻症状得到改善后，停用抗生素和止泻药，加上肠道菌群调节剂，直至痊愈。
