由于小儿患腹泻后吐泻多较重，因此不少人都急于应用抗生素治疗，求迅速治愈，但有时适得其反，虽经用一种甚至多种抗生素治疗，腹泻却久治不愈，多数是服用抗生素不当造成的。
滥用抗生素的害处之一是可引起细菌耐药性，造成疾病治疗上的困难。其二是可引起肠道菌失调，正常人体内都有一定的正常寄生菌，这些细菌可抑制潜在致病菌和侵入体内的外籍细菌的繁殖，避免发病。但长期、大量、不恰当应用抗生素，可使肠道正常寄生菌被抑制甚至被杀死，其结果可导致体内潜在致病和侵入体内的病原菌大量繁殖，使腹泻加重，甚至引起全身细菌性感染。
近年来我们遇50余例腹泻患儿，曾先后服用过磷霉素钙、庆大霉素、痢特灵、肠炎灵、复方新诺明、氨基苄青霉素等1种或数种抗生素，有的甚至服用小儿不该用的氟哌酸，用药后腹泻经久不愈，而且大便镜检白细胞逐渐增多。进一步检查，证实均有菌群失调现象，有的严重失调。此时立即停用抗生素，服用整肠生、回春生或促菌生素并加用多种维生素，特别是B族维生素，扶植正常肠道菌群，治疗后腹泻反而逐渐好转。有的迅速好转，而且大便化验白细胞逐渐减少到消失，肠道菌群也逐渐恢复正常。
因此凡遇病儿腹泻，要仔细观察粪便性状，认真分析导致腹泻的原因，恰当用药，不能千篇一律服用抗生素。
如果患了细菌性肠炎可用抗生素。细菌性肠炎表现发热、腹泻、粪便有粘液或脓血、大便有腥臭味，有的有里急后重感，即便后仍有余便未尽的感觉，这时应当服用抗生素。在用药前要到医院做大便常规化验，细菌培养，以便根据生长细菌的种类选用恰当的抗生素，并疗程要适当，应当在医生指导下用药。
如果腹泻稀水便、有酸味，又没有急剧发生严重脱水，其病因约70%左右是病毒和产毒性大肠杆菌引起的，此时可不用抗生素。
另外患感冒、气管炎、肺炎或饮食不当、腹部着凉等都可发生腹泻，此时仅便次增多、稀便、无脓血、便无腥臭味，此种情况下适当喂些易消化食物，服些助消化药，不用服肠道抗生素，随原发病好转腹泻会逐渐好转的。
