急性感染性腹泻患者于常规做细菌培养的同时，如怀疑有病毒感染可能者应做粪便病毒分离和特异性的血清病毒抗体检测，必要时用电镜判明病毒病原的性质。
急性腹泻恢复期，对早期有脓血便和病原阳性的患者，可做乙状结肠镜检；对治疗不顺利或有慢性化趋向者，镜检有阳性发现者可进行活体组织检查。
慢性腹泻患者一般宜先行直肠或乙状结肠镜检查，必要时做纤维结肠镜或纤维小肠镜检查，对所见肠道粘膜的炎症性或赘生性病变等具有肯定的诊断价值。怀疑胆道和胰腺病变时，做内镜逆行胰胆管造影（ＥＲＣＰ）有重要价值。
Ｘ线钡餐、钡灌肠检查和腹部平片，可显示胃肠道病变，运动功能状态，胆石、胰腺或淋巴结钙化或部分肠梗阻等病变。对消化道有无器质性病变和病变部位，常有明确诊断价值。
Ｂ超、ＣＴ或ＭＲＩ（核磁共振）常可了解肝、胆、胰等内脏病变，对癌和消化系肿瘤引起的腹泻尤有价值。
