怀孕的母亲还有其他许多身体问题可导致婴儿先天畸形。控制不力的糖尿病就是典型的例子，这样的母亲，其婴儿发生先天畸形的可能性是其他人的两到三倍。如同叶酸缺乏造成的情形一样，等患有糖尿病的母亲进行第一次产前咨询时，先天缺陷早已经发生。患有糖尿病而又控制不力的母亲，其后代发生心脏畸形、脊柱及肢体缺陷以及其他问题的可能性高得多。如果在孕前就严格控制好血糖水平，尤其是在第一个围产期内，则糖尿病人会大大降低胎儿先天缺陷的风险，甚至有可能跟没有糖尿病的孕妇一样。
有些女性身体本来不好，往往在孕前会使原有的疾病加重，导致潜在的母婴风险。严重的心脏瓣膜疾病、原发性肺动脉高压和充血性心脏病都是典型例子。跟糖尿病一样，其他体格问题如果不加以合适监测和控制，也可能引发胎儿健康问题。而可能突然发作的疾病如果不加以控制，会对胎儿产生不利影响。另外，母亲的许多慢性疾病可能不会影响到胎儿，但用来治疗这些慢性疾病的药物，却可能造成先天畸形。
如果患有慢性疾病，尤其是如果正在服用某种药物，应该咨询医生之后再考虑怀孕，同时与医生详细讨论，确保自己和胎儿都有健康的身体，避免对胎儿造成不利影响。
药物治疗
如果自己和配偶正在进行每天服用药物的某种治疗，尤其是服用处方药物时，一定要与医生进行商谈，考虑服用药物期间是否会对胎儿形成不利影响。零星服用的药物，也应该与医生沟通，比如从药店购买的各类药物，并不是通过处方购买的药物，为治疗疼痛、过敏、胃部不适、伤风与流感，或正在服用其他流行药物。许多非处方药物也可能对孕妇产生不利影响，或者不利于早期妊娠者，因此，不要以为某一种药物并非处方药就没有大问题，它们同样可能对孕妇造成很大影响。应该避免的药物当中，最典型的就是同类松脂酸，这种药物用来治疗严重的粉刺，但会对胎儿造成严重影响，比如畸形。最好在使用这种药物至少1个月后再考虑怀孕问题。
