慢性腹泻的病期在2个月以上，病因比急性的更复杂，因此诊断和治疗有时很困难。
1. 肠道感染性疾病 ①慢性阿米巴痢疾；②慢性细菌性疾病；③肠结核；④梨形鞭毛虫病、血吸虫病；⑤肠道念珠菌病。
2.肠道非感染性炎症 ①炎症性肠病（克隆病和溃疡性结肠炎）；②放射性肠炎；③缺血性结肠炎；④憩室炎；⑤尿毒症性肠炎。
3.肿瘤 ①大肠癌；②结肠腺瘤病（息肉）；③小肠恶性淋巴瘤；④胺前体摄取脱羧细胞瘤；胃泌素瘤、类癌、肠血管活性肠肽瘤等。
4.小肠吸收不良
(1)原发性小肠吸收不良。
(2)继发性小肠吸收不良。
1)消化不良：①胰消化酶缺乏，如慢性胰腺炎、胰腺癌、胰瘘等；②双糖酶缺乏，如乳糖不耐受症等；③胆汁排出受阻和结合胆盐不足，如肝外胆道梗阻，肝内胆汁瘀积，小肠细菌过长（盲袢综合征）等。
2)小肠吸收面减少：①小肠切除过多（短肠综合征）；②近段小肠-结肠吻合或瘘道等。
3)小肠浸润性疾病：Whipple病、α-重链病、系统性硬化症等。
5.运动性腹泻 肠蠕动紊乱（多数为加速）引起，如肠易激综合征、胃大部切除术后，迷走神经切断后、部分性肠梗阻、甲状腺功能亢进、肾上腺皮质功能减退等。
6.药源性腹泻 ①泻药如酚酞、番泻叶等；②抗生素如林可霉素、氯林可霉素、新霉素等；③降压药如利血平、胍乙啶等；④肝性脑病用药如乳果糖、乳山梨醇等。
