儿童性识别障碍指儿童对自身性别的认识、行为表现与自己真实的解剖特征相反。孩子以与其实际性别不同的身分表现出现于公众场合，如男童穿着女装，行为爱好像女童，或否认自己身体具有男性的解剖特征，硬说自己是女孩。
正常儿童在3岁左右即可识别自己是男是女。到三四岁时，则可正确识别玩具娃娃是女性还是男性。日常行为具有明显性别差异，如女孩喜欢玩洋娃娃，而男孩喜欢玩枪弄刀。
有性识别障碍者，到了相应年龄仍不能识别自己的性身分或举止行为酷似异性。
按理说，看一个人是男是女，是在生物学基础上看其生殖器的结构，然而社会因素对发育中的儿童性别身分的自我识别和认同影响极大。
家庭环境在童年早期对儿童性特征行为的不同要求具有明显影响，如让男孩着女装，鼓励他斯文听话，或从小生活在女孩儿丛中，慢慢地男孩认同自己为女孩，到了青春期更显示出性别认同的明显障碍，如同性恋、异性装扮癣和易性别痹等性心理变态。这类男孩心理上认为自己是女的，会去爱另一个男性，或把自己打扮成女性出现在公众场合，或者强烈要求通过手术变性。
这类情况重在预防，一旦形成，矫治困难，必须求助于性医学专家。
